«контрагентом» по составу

Части слова: контр/агент/ом
Часть речи: имя существительное.

Состав слова (морфемы):
контр — приставка,
агент — корень,
ом — окончание,
контрагент — основа слова.

Итоговая схема:
контр (приставка) + агент (корень) + ом (окончание).

Дополнительно:

• Окончание: ом
  — типичное окончание существительного мужского рода, одушевлённого, единственного числа в творительном падеже.