«протоколироваться» по составу

Части слова: протокол/ир/ова/ть/ся
Часть речи: глагол

Состав слова (морфемы):
протокол — корень,
ир, ова, ть, ся — суффиксы,
нет окончания,
протоколирова + ся — основа слова.

Примечание: ть является формообразующим суффиксом и не входит в основу слова, но во многих школьных программах ть отмечается как окончание. ся является словообразующим суффиксом (постфиксом) и входит в основу слова.