«флаг-капитан» по составу

Сделаем разбор по составу слова «флаг-капитан», обозначим морфемы, составим схему.

Части слова: флаг/-/капитан/

Состав слова (морфемы):
флаг, капитан — корни,
нулевое окончание,
флаг-капитан — основа слова.

Итоговая схема:
флаг (корень) + капитан (корень) + (нулевое окончание).

Дополнительно:

• Окончание: нулевое
  — типичное окончание одушевлённого существительного мужского рода, единственного числа в именительном падеже.